בדיקת פוליגרף מתבצעת לרוב על ידי בודק מומחה של מכון פוליגרף, במטרה לאמת את תשובות הנבדק לשאלות שנמסרו לו מבעוד מועד. טרם הבדיקה הנבדק מקבל הסבר מפורט על התהליך כדי לתרום להצלחת הבדיקה.
פוליגרף הוא מכשיר אלקטרוני אשר בעזרתו רושמים את השינויים והתגובות הפיזיולוגיות המתרחשות בגוף הנבדק, כגון דופק, לחץ דם, פעולות בית החזה, ורמת הזעה. במהלך הבדיקה הנבדק צריך להשיב על שאלות מסויימות. השינויים והתגובות, שנגרמים כתוצאה מתשובותיו, נקלטים במערכת הממוחשבת. לאחר מכן בודק הפוליגרף מנתח את הממצאים, ומחליט אם הנבדק דובר אמת או שקר. בדיקת פוליגרף אורכת כשעה.
עפ"י רוב, הנבדק נוטה להתרגש לקראת הבדיקה ו/או במהלכה. תופעת ההתרגשות הינה מובנת וטבעית. לפני הבדיקה ובמהלכה, הבודק מבצע פעולות מקצועיות שונות שמטרתן לכייל את המכשיר לקלוט את התגובות הנורמטיביות של הנבדק בשעת הבדיקה. מצב של התרגשות, לחץ דם גבוה או כולסטרול בדם ועוד, אינם משפיעים על התוצאה הסופית, ולכן אין כל סיבה שהתרגשות מעצם הבדיקה תשנה את התוצאה.
לידיעה, בדיקת הפוליגרף אינה משפיעה כלל על בריאות הנבדק. הרכיבים השונים מונחים על הבגדים ואינם גורמים שום כאב או נזק בריאותי או פיזיולוגי כלשהו. כמו בכל בדיקה שגרתית אחרת, חשוב לציין בפני הבודק כל בעיית התרגשות או בעיה רפואית במידה וקיימת.
לא פעם נשאלת השאלה האם ניתן לשנות משהו בשאלות שנשאלות. התשובה היא חד משמעית כן. בדיקת פוליגרף נועדה בסופו של התהליך לאמת את גרסתו הסופית של הנבדק. במידה שיש לו הערות, הסתייגויות או משהו שלפי דעתו עלול להפריע לו במהלך הבדיקה, ניתן ואף רצוי שיציין זאת לפני הבדיקה. בהתאם לכך, הבודק משנה את השאלות ומוודא טרם תחילת הבדיקה שהן תהיינה כל ברורות ומוסכמות על שני הצדדים.
בבדיקה פוליגרף קיימות "תגובות האמת" ו"תגובות שקר". "תגובות אמת" מתקבלות כאשר אדם אומר תשובות אמת לשאלה מסוימת. רמת הפעילות הגופנית-פיזיולוגית שלו אינה משתנה ונשארת ברמתה הקבועה, ללא שינויים החורגים מהמצב הנורמטיבי בבדיקה. ב"תגובות השקר" ניתן להבחין כאשר אדם משקר בשאלה מסוימת. מתפתח פחד וחשש מחשיפת האמת. פחד זה גורם לשינויים פיזיולוגיים שנובעים ממערכת העצבים האוטונומית ואינם ניתנים לשליטה. שינויים אלה כוללים שינויים בולטים בלחץ הדם, בדופק, בבית החזה וברמת ההזעה, והם נקלטים במערכת בו זמנית.
לסיכום, בבדיקה זאת, מטבעה, קיימת מידה של אי נעימות, והבודק לרוב ישתדל שהנבדק יחוש בנוח. שיתוף פעולה מצד הנבדק יביא לבדיקה קצרה יותר ומוצלחת.
